洁净室土建地面与墙面不平整度不大于0.1%，墙角应垂直连接。为防止墙板因累积误差而倾斜扭曲，墙板垂直度偏差不应大于0.2%。天花板须按房间宽度的方向拱起，千级洁净室，使天花板在使用负荷时保持平。天花板的四周应与墙壁紧密相连。在安装过程中，不得将板材的表面保护膜撕去。施工过程中禁止撞击或板表面。需要粘贴面层的材料、嵌填密封胶的表面和沟槽应防落积尘;粘贴前必须仔细清扫，除去杂质和油污，确保粘贴密实牢固。
空气分子控制主要应对空气分子污染(AMC)，这类污染的控制要比粒子污染困难许多。说到粒子污染的控制，洁净室施工，先要确定粒子的粒径与个数，洁净室净化工程报价，然后才能进行相应的设计。只是对于空气分子污染，需要控制的除了芯片线宽外，还有工艺、设备、材料与传送系统等，所以这类污染的控制一直就是业界的难题。总体上来说，芜湖洁净室，正是因为很难有效控制空气分子污染，致使该问题成为了影响相关产品成品率的重要问题。
手术室及洁净辅助用房的外窗必须是双层密闭窗。外窗框与墙体之间的缝隙在室内即正压面采用硅酮胶封闭，传递窗窗框与墙体的缝隙在墙体两侧用硅酮胶封闭，传递窗两侧的门扇要具有联锁装置。门框与门扇的缝隙周边连续敷设弹性密封条，使门关闭后形成密闭的密封线。配电盘要求防尘，柜安装前要做卫生，安装后还要做卫生，并能使门关闭严密。安装插座、插座箱及线盒内必须打扫干净，紧贴墙面，安装端正。吸顶式灯具要紧贴吊顶，擦拭干净，所有进出管头都要采取密封措施。
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